包头稀土高新区人民检察院于2003年4月23日经内蒙古自治区机构编制委员会和最高人民检察院批准同意设立，作为包头市人民检察院的派出机构。2003年10月30日，正式挂牌成立。2004年1月，开始开展各项检察业务工作。按照司法体制改革要求，院内设机构重塑性改革后，现整合为第一检察部、第二检察部、第三检察部、综合行政部（司法警察大队）4个机构运行。

包头稀土高新区人民检察院有中央政法专项编制20个，实有在编人员21人（1人编制在包头市人民检察院），区聘司法雇员24人,聘用制书记员6人，共计51人。班子成员实配一正两副，政治部主任1名，检察委员会专职委员1名纳入班子。政法专项编制人员中现有员额检察官11人，司法辅助人员7人，司法行政人员3人。年均受理批捕、移送审查起诉刑事犯罪案件350余件400余人左右。年均受理民事、行政、公益诉讼案件190余件。

包头稀土高新区人民检察院自建院以来，在高新区党工委和上级检察机关的正确领导下，2005年，被高新区党工委、管委会授予“文明单位”荣誉称号；2008年，被自治区检察院评为“先进基层检察院”；2008年，被内蒙古自治区档案局评为“全区档案利用服务考核优秀单位”；2008年，被高新区党工委、管委会授予“高新区精神文明建设先进集体”荣誉称号；2009年，被包头市委、市政府授予“文明单位”荣誉称号；2009年，被高新区党工委、管委会评为“民族团结和谐单位”；2010年，我院先后被包头市团委、包头市检察院授予“优秀青少年维权岗”，被自治区团委、自治区检察院授予检察院系统自治区级优秀“青少年维权岗”。2011年，被包头市委、市政府授予“文明单位标兵”荣誉称号；2011年，被高新区党工委、管委会评为“民族团结进步和谐单位（机关）”；2012年，被包头市委、市政府评为“包头市民族团结进步示范机关”；2013年，被自治区检察院评为“全区检察机关基层检察院建设进步奖”；2014年、2015年、2016年，连续三年被包头市检察院评为“包头市先进基层检察院”，领导班子被荣记“集体三等功”；2014年、2016年、2017年、2018年被高新区党工委、管委会评为“实绩突出”单位和“突出贡献单位”；2018年，被自治区检察院荣记“集体三等功”；2019年，被高新区党工委、管委会评为“2018年度扫黑除恶专项斗争工作先进集体”；2021年，被国管局、中直管理局、国家发展改革委、财政部评为“节约型机关”荣誉称号；2022年，被包头市委宣传部、包头市委统战部、包头市民族事务委员会命名为“2022年度民族团结进步示范单位”；2023年，被高新区党工委、管委会评为年度考核“优秀”单位，先后多年被高新区党工委、管委会评为“维护稳定工作先进集体”和“社会治安综合治理工作先进集体”荣誉称号。包头稀土高新区人民检察院机关支部委员会先后被评为“优秀联建单位”、“2022年度高新区级机关最强党支部”、“2023年度市级坚强堡垒支部”荣誉称号。先后有140余人次分别被最高人民检察院、自治区检察院、包头市检察院和高新区党工委、管委会等机关授予“检察荣誉章”、“业务标兵”、“业务能手”、“优秀党务工作者”、“优秀共产党员”、“共产党员先锋岗”、“优秀青年岗位能手”、“三八红旗手”和“先进个人”等荣誉称号，并被立功、授奖。